касательно первого - в илле просто выделяешь всю публикацию, слидишь за тем что бы у тебя ничего ни в рабочем слое, ни вообще никакой слой не были за лочены и идёшь в меню Type, и там берёшь опцию Great Outline.
С прозрачностями конечно посложнее, тут общее правило - их надо избегать, и если же они есть тут в каждом конкретном моменте надо просто их заменять тем или иным эффектом без прозрачности, но как единого правила нет...
С третьим - выделяй одноцветные обьекты груповым выделением и смотри по каналам, ищи неоответствия требованиям и сразу что бы потом не путаться прячь их. И так до последнего объекта.