Попробуй в WMV пережми сначала и посмотри результат.
У меня тоже часто такое бывает, последний раз кодировал видео тоже с камеры-с КПК.
Короче говоря косяки такие-же после захвата и кодировки.Я не мог все понять из-за чего-же это может быть именно, но думаю эта само качество работы какой-либо проги при кодировании потока.