Как настроить я не знаю. Как я писал ранее, тут очень многое зависит от частоты меша (а иногда и формы полигонов). И не только динамического объекта, но и остальных участников симуляции.
Кстати, я часто останавливаю симуляцию в тот момент, когда результат меня устраивает, не дожидаясь окончания процесса (или наоборот, повторяю до удовлетворения).
В данном случае острые рёбра куба по-любому вылезут. Разве, что, можно попробовать применить к "плану" смуч-модификатор. Но результата не гарантирую.
Да и ещё. Ничто не мешает превратить отсимулированную "динамику" обратно в пропс (freeze). И ещё раз применить скрипт к получившемуся.