Забей... Нет там ни каких "скрытых", просто, некоторые параметры активизируются только при определённых настройках других параметров (например, трансмитт).
Если у модели стандартная UV, то без разницы, кто её делал. Шкурки будут полностью взаимозаменяемы.
И "сгруппировать" конечно же можно, достаточно сохранить в мат-файл только нужные строчки из списка параметров. Правда, охренеешь сохранявши.
А вообще... Проблема скорее в том, что если "плясать" от базовой текстуры, то для разных "баз" нужны разные настройки. И здесь общее правило - любые настройки затемняют базовую текстуру (физика-с). Так что, иногда, проще и правильнее отредактировать "базу", чем пытаться отменить законы физики.