Слухай, вопрос может быть туповат, но:
У тебя звуковуха поддерживает сжатие в 48000KHz? На сколько я понял ты с такой частотой пытаешся кодировать? или нет?
На счет бросить с mp3, то я тебе не советую знаешь почему? --Да потому-что нет более достойного формата на данный размер аудио.
Если использовать PCM, то аудио файл скорее всего будет весить больше чем само видео, но это тоже конечно смотря как кодировать(с каким битрейтом/видео).
На счет K-lite, а именно того что по умолчанию еще что-то надо включать, то я недумаю что это так, поскольку mp3-является практически во всех пакетах кодеков по умолчанию/устанавливается...можешь даже сам проверить, если еще будешь какой K-lite переустонавливать.